Con los demás apóstoles, Pedro fundó la Iglesia de Jerusalén. Allí era el jefe indiscutible. La Iglesia de Antioquía estuvo presidida por él. En tiempo de Claudio (4145) fundó la Iglesia de Roma y la dirigió durante largo tiempo. Roma es la única ciudad que pretende haber sido teatro de la última actividad y martirio de Pedro. Desde el siglo II hay testimonios de que Pedro estuvo rigiendo la Iglesia de Roma.
Desde que Pompeyo trasladó muchos judíos a Roma (63 a. C.), se formó allí una colonia muy numerosa de ellos. De entre éstos se formó la primera comunidad cristiana por la predicación de Pedro. El año 49 los judíos fueron expulsados de Roma, a causa de los disturbios que producían. Entonces Pedro también tuvo que irse; el año 50 se halla en Jerusalén, de allí va a Antioquía y recorre el Asia Menor. Hacia el año 56 Nerón permitió la vuelta de los judíos, y con ellos volvió Pedro de nuevo. Allí permaneció, con interrupciones, hasta su muerte. Nerón se lo cargó. Fue apresado y encarcelado, quizá en la cárcel Mamertina. Mientras esperaba la hora de la muerte, convirtió a sus carceleros Proceso y Martiniano. Fue clavado en una cruz y, por propio deseo, puesto con la cabeza hacia abajo, para diferenciarse así de su Maestro. Todo ello ocurrió en la colina vaticana, donde ahora se levanta la basílica de San Pedro.
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