Nacido de familia humilde en Fontiveros, Ávila, se llamaba Juan Yepes, pronto quedó huérfano y el director del hospital de Medina del Campo lo tomó a su cargo, lo hizo enfermero y al mismo tiempo lo hizo estudiar en el colegio de dos jesuitas, para que un día fuera un gran capellán.
Ingresa en el Carmelo, cursa artes y teología en la universidad de Salamanca, y ya sacerdote siente una especial atracción por la vida del cartujo. En el convento de Duruelo conocería a la también mística santa Teresa de Jesús y cambiaría su nombre por el de Juan de la Cruz. En el convento, la celda tenía un techo tan bajo que solo podía permanecer sentado o echado.
Con frecuencia caía en éxtasis, pero lo mantenía oculto a los demás. De estas vivencias surgiría más tarde su gran misticismo y los escritos: Subida al Monte Carmelo, Noche oscura del alma, Llama de amor viva, Cántico espiritual, El Pastorcito, y otras más en su cautiverio en Toledo. Logra escapar de la cárcel y recorre Segovia, Madrid, Lisboa y finalmente Andalucía, donde pasó el resto de su vida. Pío V y Gregorio XIII confirmaron la orden de los Carmelitas descalzos de ambos sexos, por él reformados.
En su lecho de muerte perdonó al prior y a los hermanos antes de expirar en Úbeda, la noche del 14 de diciembre de 1591, su cuerpo se conserva incorrupto en Segovia.
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