Matilde nació en el castillo de Helfta, Sajonia, en el seno de la noble y poderosa familia de los Hackeborn, que poseía tierras en Turingia. Nació tan débil que se la creyó muerta, pero al presentarla al sacerdote para que la bautizara, este profetizó que llegaría a ser santa y Dios obraría grandes cosas a través de ella.
En 1248, a los siete años, visitó con su madre a su hermana Gertrudis de Hackeborn (no confundir con Gertrudis de Helfta, también llamada Gertrudis la Grande), monja en el monasterio cisterciense de la localidad de Rodersdorf. Atraída por el ambiente monástico, se quedó en el monasterio, ingresando como educanda. Tres años después, en 1251, Gertrudis es elegida abadesa a la edad de 19 años, gobernando la comunidad hasta 1291. En 1258, debido a la escasez de agua, las monjas se trasladaron a Helfta. Este nuevo monasterio llegaría a prosperar tanto económica como cultural y espiritualmente.
Gertrudis formó a su hermana con vistas al cargo que le iba a confiar: maestra de la escuela de niñas, y formadora de las novicias y de las jóvenes profesas. En 1261, ejerciendo ya el cargo de maestra, recibe a su cuidado a una niña llamada Gertrudis, de 5 años de edad, que llegará a ser conocida como santa Gertrudis la Grande. Por sus dotes naturales para el canto, Matilde sería también nombrada maestra de coro. La tradición acabó llamándola ?Ruiseñor de Cristo?.
Matilde desempeñó su labor silenciosamente hasta los 50 años. Desde joven tuvo experiencias místicas, pero nunca escribió nada. En 1291 murió su hermana Gertrudis de Hackeborn. Por estas fechas comenzó a enfermar y a pasar períodos en cama. La nueva abadesa Sofía de Querfurt, viendo la progresiva decadencia física de Matilde, mandó a las monjas recoger todos los datos y apuntes que hubiese de su magisterio, además de tomar nota de cuanto pública o privadamente manifestara a cualquier hermana. Encargada especial de esta labor fue Gertrudis de Helfta. Esto se hizo a escondidas de la enferma, aunque posteriormente, al ser informada, confirmaría el contenido del libro. El resultado es el Libro de la Gracia Especial.
El 19 de noviembre de 1299 murió Matilde a la edad de 59 años. La fama e importancia que se le atribuyó a su discípula santa Gertrudis de Helfta (que acabó llamándose por ello la Grande) acabó por hacer sombra a Matilde, que pasó a segundo plano a partir del siglo XVI.
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